办学方针：以邓小平“三个面向”为指导思想，全面贯彻党的教育方针，大力推进以创新精神和实践能力为核心的素质教育，培养德、智、体、美、劳等全面发展的“四有”新人。
办学目的：为基础教学改革和发展提供试验基地，探索培养新世纪人才的教育教学模式）创造现代化教育的办学模式）创造现代化教育的办学经验。
三年内，力争把北京师范大学南山附属小学、中学办成深圳市名校，即：校园优美、设备先进、校风良好、师资雄厚、管理科学、质量一流的学校。 北师大南山附属学校将努力做到优质教育与特色教育相结合，将为每位学生提供最好的学习机会，最大限度地开发学生潜能，并就学生的思想品德，科学素质，知识素质，心理素质，身体素质和审美能力和形象思维能力作好全面的开发与培训。北师大将为应届高中毕业生投放到一定数量的保送生指标。并努力办出自己的特色。
学校在分层次系统实行“个性化素质教育”的基础上，主要体现：四大特色： 数理教育特色：开办各层次数学奥林匹克班，开展数学竞赛，培养学生抽象思维能力，办好四个层次学校的“学生数学乐园”。
艺术教育特色：发挥北师大艺术学院的优势，与歌舞团合作，成立少儿艺术团，培养学生的审美能力和形象思维能力。特别要把幼儿园、小学办成“’艺术幼儿园”、“艺术小学”，组建高水平的“少儿艺术团”。 英语教学特色：聘请国内、外知名的外语教师任教，强化英语教学。培养生的语言表达能力，在初、高中办好“学生外语角”。
信息化教育特色：适应网络时代对人才的要求，建立现代视窗，并运用多媒体及网络技术与课堂教学的整合，培养学生的动手能力，建设好四所学校的校园网，并与教育部与北师大联办的中国基础教育网（中基网）进行联网，推全面实验教学，全面提高学生信息技术能力，北师大网络学院向南山区投放大学学历教育名额，扩大学生大学入学率。